Stanislav Škrabec je prvo pomembno razpravo, O glasu in naglasu našega knjižnega jezika v izreki in pisavi, objavil že leta 1870 kot mlad suplent v Novem mestu v gimnazijskih Izvjestih. Dr. Antona Breznika, ki Škrabca imenuje "oče slovenske fonetike", jo je proglasil za epohalno, saj je Škrabec z njo zaoral v ledino slovenskega jezikoslovja.
V samostanskem miru na Kostanjevici je proučeval slovenski jezik, posebej njegovo zgodovino, vezano na narečja in slovstvo, ter določil enotno izreko slovenskega jezika. Zahteval je, naj se zaradi Trubarja in Prešerna naslonimo na dolenjsko in gorenjsko narečje, pri tem pa upoštevamo tudi sodobne govorne navade v osrednji Sloveniji. V glasu in naglasu to še danes velja.
Danes že znamenito dejstvo je, da je zapise o slovenskem jeziku -- o glasu in naglasu, o oblikovanju, fonetiki, skladnji, narečjih -- objavljal na notranjih straneh platnic Cvetja z vertov svetega Frančiška, skromnega verskega lista, ki so ga začeli izdajati v samostanu leta 1880. Sprva je napisal daljšo jezikoslovno razpravo in jo ponudil več založbam v Sloveniji, vendar je ni hotela nobena objaviti. Takrat zapiše: "Kaj mi je bilo storiti? Zasadilo se je Cvetje, menda prvi slovenski mesečnik s platnicami, in ne vem, od kod mi je prišla misel: na platnice bom dal, kar bom napisal. Kdor si naroči Cvetje, dobi zraven platnice zastonj, če hoče, naj jih spravi, če mu niso všeč, naj jih zavrže ... Med tri tisoč naročniki bo sčasoma ln mogoče komu kaj dopovedati."
V 35 letih se je nabralo nad 1.200 strani jezikoslovnih obravnav, ki so slovenska jezikoslovna vprašanja zanesle tudi čez meje Slovenije.
Pisal je na poljuden, vsem razumljiv način. Bil je vnet zagovornik maternega jezika, tujke je preganjal. Vztrajal je pri slovenščini v bogoslužju in poudarjal pravilno uporabo jezika v šolah. Omeniti velja tudi njegov poskus svetovnega jezika, imenovanega evlalija (blagoglasna). Zasnoval ga je na podlagi svojega glasoslovnega znanja in raznih stenografskih sistemov. Hotel je ustvariti jezik, ki ne bi bil babilonska mešanica, ampak pravi kulturni jezik, saj se mu je esperanto zdel pretrd.
V mednarodni jezikoslovni javnosti je s. Stanislav Škrabec od izida monumentalne The Encyclopedia of Language and Linguistics(Pergamon Press, 1994) omenjan prav kot jezikoslovec, ki je prvi formuliral problem performativnosti.
Prepričan je bil, da Slovenci svoj jezik in sebe premalo cenimo: "Naša slovenščina je eden najlepših jezikov na svetu."